シャア・アズナブルの乗るモビルスーツ（以下MS）リック・ディアスは、サイド7のコロニー、グリーン・ノア2に向かっている。彼はクワトロ・バジーナ大尉と名を変え、反連邦政府組織エゥーゴに参加していた。

地球連邦軍を私物化し、グリーン・ノア2（別名グリプス）を軍事基地化するティターンズの偵察を試みたのである。コロニーに接近するリック・ディアスの中で、シャアはそこに新たなニュータイプの存在を感じていた。

同じ頃、グリーン・ノア1に住むカミーユ・ビダンは、ティターンズのジェリド・メサ中尉に、コンプレックスを持つ名前から性別を間違えられたことに激し、彼を殴る。そのことでティターンズに逮捕されたカミーユはMPに尋問を受けるが、コロニー内でテストが行われていたMSガンダムMk-Ⅱの墜落事故に乗じて脱走した。

一方、ティターンズが開発していたガンダムMk-Ⅱの存在を知ったシャアは、母艦のアーガマに連絡を取り、機体の奪取を決意する。アーガマの砲撃によってグリーン・ノア1への侵入口を開き、ガンダムMk-Ⅱ奪取作戦が始まろうとしていた。

シャアは部下のアポリー中尉、ロベルト中尉とともにリック・ディアスでグリーン・ノア1に侵入。連邦軍のMSジムⅡ部隊と激しい戦闘になる。

一方、基地から逃げ出したカミーユだったが、再び基地内に戻っていた。権力を振りかざして横暴な尋問を行ったMPに仕返しをしようとしたのである。格納庫にあった無人のガンダムMk-Ⅱの3号機に乗り込み、シャアたちに加勢するカミーユ。

一年戦争ではホワイトベースの艦長を務め、今では地球とサイド7を往復するシャトルの船長という閑職に追いやられていたブライト・ノア中佐は、その現場を目撃する。そして、ガンダムMk-Ⅱに乗ったカミーユの姿に、一年戦争で共に戦ったニュータイプの戦士、アムロ・レイの再来を感じる。

カミーユの協力を得たシャアたちは、もう1機のガンダムMk-Ⅱを捕獲する。
カミーユは、脱出するシャアたちに従い、生まれ育ったコロニーを後にした。

カミーユを乗せてサイド7から離れたアーガマは、サラミス級ボスニア所属のMSガルバルディβ部隊に捕捉され、交戦に及ぶ。

ガルバルディβを操るライラ・ミラ・ライラ大尉の卓抜したテクニックにシャアたちは苦戦するものの、なんとか退けることに成功した。

ボスニアの攻撃から間もなく、ティターンズのパイロット、エマ・シーン中尉がバスク・オム大佐の親書を携えてアーガマに接触する。しかし、親書の内容は、カミーユの母ヒルダ・ビダンを人質に取ったうえでガンダムMk-Ⅱとカミーユの身柄の引渡しを迫ったものだった。

宇宙に漂うカプセルに母ヒルダが閉じ込められている事を知ったカミーユは、ガンダムMk-Ⅱで回収に向かう。が、後もう少しのところでジェリドのMSハイザックの銃弾がカプセルを打ち砕く。眼前で母の命を奪われ、カミーユは泣き叫ぶしかできなかった。

母を殺され逆上したカミーユは、ジェリドのハイザックに迫る。しかし、シャアとエマに引き止められたカミーユはガンダムMk-Ⅱと共にティターンズに引き渡され、巡洋艦アレキサンドリアに収監される。そこでカミーユは、母ヒルダと同じくバスクの人質となっていた父フランクリン・ビダンと再会する。一方、バスクは戦力が低下したアーガマ隊にMS部隊を差し向ける。その部隊長を命じられたエマだったが、バスクのやり方に憤りを感じてティターンズからの脱走を決意。カミーユ父子を連れてガンダムMk-Ⅱ3機を強奪し、アレキサンドリアを脱出した。カミーユたちと無事アーガマにたどり着き、エゥーゴに投降したエマだったが、シャアはそんな彼女の心変わりが信じられないと告げる。シャアの言葉にエマは、自分の心に正直であろうとしただけだと返すのだった。

カミーユの父、フランクリン・ビダン大尉はガンダムMk-Ⅱ開発に携わった技術士官である。アーガマに身を置いたフランクリンはリック・ディアスに強い関心を持ち、これを強奪してアレキサンドリアに戻ろうとする。エゥーゴの新型MSを持ち帰ることでバスクに恩を売り、保身を図ろうとしたのだ。カミーユは、母の死にも目を向けずにそのような行動に出た父が許せなかった。ガンダムMk-Ⅱで出撃したカミーユは父の乗ったリック・ディアスにライフルを向けるが、引き金を引くことができない。逡巡していたその時、流れ弾が父の乗ったリック・ディアスを撃ち抜いてしまう。眼前で両親をともに殺されたカミーユにとって、シャアやエマの言葉は何の慰めにもならなかった。

ジャブロー基地は、地球連邦軍の象徴とされてきた。同時に、台頭しつつあるティターンズの軍事拠点としての意味合いも持ちつつあった。そのジャブローを偵察するため、アーガマはレコア・ロンド少尉を地球に降下させるべく準備をしていた。危険な任務に就くレコアの身を心配するカミーユだったが、彼女は自分の意思で志願したのだと彼を突き放す。レコアが搭乗した大気圏降下用シャトルのホウセンカの準備に合わせ、シャアとアポリー、ロベルトがレーザー防衛衛星破壊のために出撃する。そこに、ジェリド指揮下のティターンズ部隊が急襲をかける。カミーユはレコアを守ろうと片腕のガンダムMk-Ⅱで出撃し、ジェリドの部隊をアーガマから引き離すことに成功する。そんなカミーユの心遣いに感謝しつつ、レコアは地球へと降りるのだった。

アーガマは、ティターンズ艦隊の追撃を振り切るため、サイド1を目指した。そんな中、シャアはカミーユとエマを連れ、サイド1のあるコロニーに立ち寄る。反地球連邦運動の鎮圧のため、ティターンズが毒ガスを撒布した30バンチコロニー。カミーユとエマは大量殺戮の惨劇を目の当たりにし、言葉を失う。一方、アーガマを追って30バンチに侵入したライラはカミーユたちと対峙する。辛辣に連邦政府を糾弾するシャアの言葉に、ライラは退くしかなかった。30バンチを脱出した双方は、コロニー宙域で交戦する。シャアの言葉に心を乱され逆上するライラと、ニュータイプとしての片鱗を見せつつあるカミーユ。追い詰められたライラがニュータイプの存在を確信した瞬間、カミーユの放ったビームがガルバルディβのコックピットを貫き、彼女は宇宙に散っていった。

カミーユは自分を正規のパイロットにしようとするブレックス・フォーラ准将たちに反発する。エマはそんな彼に地球で出会ったアムロ・レイの話を聞かせた。彼女の話を聞いたカミーユは、自分でも理解できないうちに、“シャア・アズナブル"が身近にいるのだと感じていた。

一方、師匠のライラを失った怒りに燃えるジェリドは、月面に降りたアーガマに攻撃を仕掛ける。カミーユは初の月面戦闘という状況とジェリドの気迫に追い詰められるが、間一髪のところをシャアのリック・ディアスに救われる。

ジェリドを退けたアーガマは、月都市アンマンに無事入港した。アンマンに上陸したシャアは、ジオン公国軍時代の部下キグナンからグリプス移動の報告を受ける。さらにキグナンの報告から、ジオン公国軍の残党が逃げ込んだ小惑星基地アクシズの地球圏への接近を知るのだった。古巣の接近に警戒する間もなく、シャアはエゥーゴの出資者たちと会合を持つ。ウォン・リーら出資者たちの強い意向によって、エゥーゴはジャブロー基地侵攻作戦の実行を強いられるのだった。

ジャブローを偵察中に連邦軍兵士に見つかったレコアは、かつてのホワイトベースのクルー、カイ・シデンに助けられる。

一方その頃、カミーユはエゥーゴのパイロットにされたことを自覚できずにいた。ミーティングに遅れたことでカミーユに修正を加えるウォン。理不尽な行いに憤るカミーユだったが、周囲の大人たちはそれを甘えだと断じるのだった。そんな中、エゥーゴは隣接する月都市グラナダに入港中のティターンズのサラミス級巡洋艦を奪取する作戦を敢行する。

軍という組織に矛盾を感じつつも、カミーユはシャアの先遣隊に同行する。しかし、MS部隊が出撃した隙を狙ったカクリコン・カクーラー中尉の部隊がアーガマを襲う。単身迎撃に出たエマの叫びを感じたカミーユは、その声に応えるべく救援に向かう。カクリコンを撃退し窮地を救ったカミーユの感性に、エマは、ニュータイプとしての資質を感じずにはいられなかった。

アンマンでジャブロー侵攻作戦の準備を進めるアーガマに対し、ジャマイカン・ダニンガン少佐率いるアレキサンドリアが攻撃を仕掛けた。その攻撃に参加したジェリドとカクリコンはカミーユを倒すため、アナハイム・エレクトロニクス社から譲渡された新型MS、マラサイ2機の連携で時間差攻撃を敢行する。シャアのMS百式とウォンの作業用MSの助けでカミーユは危機を回避、アレキサンドリアの艦砲射撃を切り抜けたエゥーゴ艦隊は月からの脱出に成功した。

ジャブロー基地へのMS降下作戦のため、大気圏降下地点に向かうアーガマは、所属不明のモビルアーマーに襲撃される連邦政府のシャトル、テンプテーションを捕捉する。モビルアーマー（以下MA）を退けたカミーユとシャアだったが、MAのパイロットにプレッシャーと呼ばれる強い敵意を感じる。その敵が強力なニュータイプであることを、シャアは感じ取っていた。

一方、テンプテーションを回収したアーガマは、同船の船長を務めていたブライトを迎え入れる。同時にカミーユは、難民になっていた幼馴染のファ・ユイリィと再会を果たす。カミーユとの関係が理由で両親をティターンズに捕らえられ、彼女は失意の中にあった。カミーユはそんなファの姿を目にし、ティターンズへの怒りを新たにするのであった。