エゥーゴは、ティターンズに反感を抱くブライトをアーガマの艦長として迎え、ジャブロー侵攻作戦を進める。アーガマを中心としたエゥーゴ艦隊は大気圏降下地点に集結し、ジャブロー基地への降下作戦を開始する。再会もつかの間、戦いを前に神経質になるカミーユと彼の立場を理解できないファは衝突してしまう。そうした苛立ちの中、カミーユはガンダムMk-Ⅱで出撃するが、テンプテーションを襲った可変MAメッサーラを駆るジュピトリス船団のパプテマス・シロッコ大尉がエゥーゴ艦隊の行く手を阻む。

ジャブロー基地に降下したエゥーゴのMS部隊は、連邦軍の迎撃をかわしながら中心部へ侵攻していく。基地内部への攻撃に参加しようとするカミーユの前に、追撃してきたジェリドが立ちはだかる。

一方、シャアはジャブロー基地の抵抗の薄さに疑念を抱いていた。
その状況下でエゥーゴ部隊は、捕虜の情報から連邦軍がジャブロー基地を放棄して地下の核爆弾を爆発させようとしていることを知る。ガルダ級大型輸送機のアウドムラとスードリを奪取して部隊の撤退を進めるなか、カミーユは基地内に捕らえられていたレコアとカイの気配を感じ取っていた。

ジャブローを脱出したカミーユたちは、地上の支援組織カラバのメンバー、ハヤト・コバヤシの先導でケネディ・スペースポートへたどり着く。

エゥーゴのパイロットを宇宙に上げる準備を進めるなかでハヤトは、クワトロ大尉がシャア・アズナブルであるという手紙をカイ・シデンより受け取る。真相を確かめようとするハヤトにクワトロ大尉は否定した。

宇宙へ帰還する為のシャトルをブラン・ブルターク少佐のMS部隊が襲う。ロベルトの身を呈した働きによりシャトルの打ち上げは成功するが、シャアとカミーユはカラバのアウドムラと同行する事となった。

ニュータイプという存在を連邦政府に危険視され、軍の監視下に置かれていたアムロ。彼の幼馴染であり戦友でもあったフラウ・コバヤシが訪ねてきた。

フラウはハヤトと結婚し、かつてホワイトベースに身を寄せていた孤児であるカツ、レツ、キッカの養い親となっていた。

フラウ親子の見送りのために空港に赴いたアムロは、カツを連れて連邦軍の輸送機を奪い、ケネディ・スペースポートへと向かう。

一方、カミーユたちを乗せたアウドムラは、オーガスタのニュータイプ研究所から出撃したロザミア・バダム少尉の可変MAギャプランに発見され、攻撃を受ける。カミーユとシャアはロザミアを退けるものの、さらにブランの波状攻撃を受けてしまう。アウドムラの危機を知ったアムロは輸送機をブランのアッシマーに激突させアウドムラの危機を救う。そして、クワトロ大尉として戦うシャア・アズナブルと7年ぶりの再会を果たすのだった。

アウドムラと合流したものの、幽閉生活が長かったアムロは戦いへの意思を再起させることができず、カツを苛立たせる。シャアもまた、戦えずにいるアムロを厳しい言葉で責める。アムロは、素性を隠してまで戦おうとするシャアに、ララァ・スンとの過去を想起して苦しむのだった。そんな中、シャアとカミーユを宇宙に上げるため、アウドムラはヒッコリーのシャトル基地に向かう。同時に、アウドムラを誘導するためヒッコリーからカラバのメンバーであるベルトーチカ・イルマが訪れる。

しかし、サンフランシスコ上空を通過するアウドムラはロザミアの攻撃に遭い、逸るカツは独断でガンダムMk-Ⅱで出撃してしまう。カツを追って出撃するカミーユとシャアを前に、アムロは戦うことができずにいた。

ヒッコリーに到着したアウドムラは、カミーユとシャアをシャトルで宇宙に上げる準備を始める。カツもまた宇宙に向かうこととなり、ベルトーチカの激励によってMSに乗る決心をしたアムロとともにヒッコリーへと降りた。しかし、シャトルの打ち上げを阻止するため、ブランがヒッコリーを強襲する。

ブランの部隊を迎え撃つアムロと、シャアを宇宙に戻すために迎撃に加わるカミーユ。

シャアとカツを乗せたシャトルが大気圏を離脱していく中、カミーユはアムロと協力してブランのアッシマーと戦う。追い詰められ、カミーユを道連れにしようとするブランだったが、それをアムロのビーム・サーベルが貫く。カミーユは再びアウドムラに乗り、次の機会を待つこととなった。

アウドムラは太平洋を横断し、ホンコン・シティに到着した。ホンコン・シティに大きな力を持つルオ商会を頼り、補給を行うためだった。

一方、指揮官のブランを失い、副官のベン・ウッダー大尉が率いるスードリは、日本のムラサメ研究所に協力を要請。強化人間フォウ・ムラサメと巨大可変MA、サイコ・ガンダムを合流させる。

アムロたちはルオ商会に協力を求め、そこで偶然、ブライト・ノア夫人となったミライ・ノアと、その二人の子供たちと出会った。

フォウが操るサイコ・ガンダムがホンコン・シティの街を強襲する。迎撃に駆けつけたものの、サイコ・ガンダムの圧倒的な力の前に苦戦するカミーユ。

アムロは、敵に気圧されるカミーユの戦いに苛立ちと不安を覚える。サイコ・ガンダムに次第に追い詰められる中、破壊されていく街を目の当たりにしたカミーユの怒りは爆発した。

ホンコン・シティに滞在を続けるアムロは、ミライ母子にアウドムラへの乗船を勧める。しかし、ミライはこの申し出を受けなかった。
この接触によってミライたちの存在を知ったベンは、ホンコン特務警察と協力して母子を拉致する。同じ頃、フォウは自分にプレッシャーを与えたパイロットを探して街を彷徨っていた。そんな彼女を見かけたカミーユは、敵とは知らずフォウに強く惹きつけられる。

一方、ベンはミライ母子を人質に取って、カラバにアウドムラの引渡しを要求した。

責任を感じたアムロは単身ベンの元に向かい、自分とミライたちの人質交換を試みるが失敗し、アムロもまた人質となってしまう。

この状況下でハヤトは降伏を装ってアウドムラを前進させ、その一方でカミーユのガンダムMk-Ⅱを海中から接近させる。

カミーユは海中に潜むMS部隊を撃破し、混乱に乗じてアムロとミライ母子は脱出に成功するのだった。

アウドムラはホンコン・シティ自治体からの退去命令を受け、撤収の準備を進めていた。そんな中、カミーユとフォウの接触を知ったアムロは、彼にフォウと触れ合うことの危険性を警告する。しかし、カミーユはそんなアムロの言葉に反発し、彼女を探してアウドムラを飛び出す。

夜の街でフォウとの再会を果たしたカミーユは、別れの時間を惜しむ。夜景を見下ろすビルの屋上で、唇を重ねるカミーユとフォウ。フォウもまた、カミーユに強く惹かれていた。

しかし、サイコ・ガンダムに乗ったベンの無差別攻撃によって、ふたりの時間は引き裂かれる。街は炎に包まれ、フォウはサイコ・ガンダムのコックピットに戻り、カミーユはガンダムMk-Ⅱで出撃する。戦いの中でサイコ・ガンダムのパイロットがフォウと知り、愕然となるカミーユ。

呼びかけるカミーユの声も、サイコ・ガンダムに戦いを強要されるフォウの心に届かなかった。

ホンコン・シティを離れたアウドムラは、次の攻撃目標をニューギニアのティターンズ基地に定めた。アウドムラ撃破を焦るベンはフォウのサイコ・ガンダムに出撃を命じ、自らはスードリによる特攻を決断する。

スードリの攻撃を受けてガンダムMk-Ⅱでフォウを迎撃したカミーユは、サイコ・ガンダムのコクピットに飛び移り、彼女に自分の本心を語る。カミーユの優しさを理解したフォウは、カミーユを宇宙に上げ、重力の鎖から解き放とうと決意する。

フォウはアウドムラに特攻をかけようとするスードリに突撃し、大気圏突破用ブースターを準備するがベンの銃弾に倒れる。

フォウの姿に逡巡するカミーユだったが、己の轍を踏ませまいとするアムロの言葉と、フォウの想いに背中を押され、彼は再び宇宙へと上がった。

宇宙に戻ったカミーユは再びアーガマの一員となった。しかし、地球でのことに心を残すカミーユは、焦燥と孤独感を強める。エマやブライトはそんな彼を気にかけながらも、言葉をかけられずにいた。

一方、シロッコはティターンズに接近して忠誠を誓う。木星のヘリウム採掘船団に身を置いてなお機を見る敏感なシロッコへ、ティターンズの総帥ジャミトフ・ハイマン大将は警戒感を強めながらも、その力を利用しようとした。

ジェリドやマウアー・ファラオ少尉を指揮下に置いたシロッコは、新造戦艦ドゴス・ギアを率いて出撃する。

名を上げようと逸るジェリドは、マウアーとともに新型の可変MSガブスレイを駆りアーガマに猛攻をかけた。

カミーユは、己の迷いとガブスレイの性能の前に追い詰められ、宇宙に投げ出されてしまう。死を眼前に迎えたカミーユが目にしたのはジェリドのガブスレイを撃退する新型可変MSのΖガンダムと、パイロットスーツに身を包んだファ・ユイリィ軍曹の姿だった。

ファを戦いに巻き込みたくないカミーユは、パイロットになろうとする彼女と衝突する。

一方、シロッコの選んだニュータイプ候補生サラ・ザビアロフ曹長とシドレ曹長の訓練に出たジェリドは、新型可変MSメタスと支援戦闘機Gディフェンサーを輸送中のレコアを発見する。ジェリドは独断で攻撃を仕掛け、アーガマからはカミーユたちがレコア救出に向かった。

宇宙に戻って感覚が研ぎ澄まされつつあるカミーユは、シドレを撃墜してジェリドを退ける。同時に、自分に襲いかかる敵意に恐怖したサラは、耐え切れずに戦線を離れた。ドゴス・ギアにいながらにしてこの戦いをすべて感知していたシロッコに対して、マウアーは言い知れない不信感を抱くのだった。

ティターンズが月の要衛、フォン・ブラウン市を制圧するアポロ作戦を発動した。

ティターンズの大艦隊がフォン・ブラウンに侵攻する中、シロッコはジェリドとマウアーが指揮する部隊を出撃させ、エゥーゴの注意を引き付けさせる。

一方、エゥーゴはアポロ作戦を阻止すべく、月面でティターンズ艦隊を迎え撃つ。アーガマは善戦するが、グラナダからの援軍が間に合わず、戦闘の間隙を突いたシロッコのドゴス・ギアはフォン・ブラウン市の制空圏に入った。シロッコはフォン・ブラウン市に強行着陸し、エゥーゴ部隊は撤退を余儀なくされる。

カミーユとシャアは、戦いを助長させようとする強烈な悪意を、シロッコに感じるのだった。

ティターンズ艦隊の情報を得るためにフォン・ブラウン市に潜入したカミーユは、ドゴス・ギアから下船していたジェリドとマウアーに発見されてしまう。

ひそかに後を追ってきたカツに窮地を救われるカミーユ。しかし、フォン・ブラウンを奪還しようとするアーガマとティターンズの戦闘が始まり、ファのメタスとヤザン・ゲーブル大尉のギャプランの戦闘は市内にまで及んでしまう。市民が避難したシェルターの中、カミーユとカツ、ジェリドとマウアーは対峙する。
一方、発電施設を押さえたエゥーゴは市をティターンズから奪い返し、指揮を任されていたジャマイカンは早々にフォン・ブラウン市から撤退していく。

それと同じ頃、連邦議会総会に出席するため地球に降りていたブレックスは、ティターンズによって暗殺される。

エゥーゴを導いて欲しいとの言葉をシャアに残し、息絶えるブレックス。シャアは、議会の承認によってジャミトフが権力を手にするのを目にしながら、反撃の機会をうかがうのだった。

シロッコの部下であるサラがアーガマに投降してきた。サイド4の廃棄コロニーをグラナダに落とそうとする、ジャマイカンの作戦を密告するためである。

シロッコは、自分の予定にない無意味な殺戮を阻止するのと同時に、ティターンズ内での立場を強化するため、上官であるジャマイカンを失脚させようとしたのであった。

サラの情報を信じたカミーユにアーガマのクルーは従い、これを阻止するためMS隊を発進させた。

一方、アーガマ内に軟禁されたサラは、自分に好意を寄せるカツを利用してアーガマからの脱出を図った。別れ際、彼女はカツにギャプランに死角があることを教え、アーガマから離脱する。

カミーユはカツの情報でヤザンのギャプランを退け、エマの活躍でコロニーはグラナダへの落着コースから離れて行く。

ジャマイカンの姑息なコロニー落としに反感を抱いたヤザンは、独断でアーガマへの攻撃の準備を進めた。

ヤザンのMS部隊に応戦するエマとカツは、ジオン公国軍の戦艦グワジンの残骸が漂流する宙域へと迷い込む。

救援に駆けつけたカミーユがヤザンと一騎討ちをする中、グワジン内でヤザンの部下を退けるエマとカツ。

ヤザンの気迫に押され、グワジン内部に逃げ込むカミーユを救ったのは、ゲルググの残骸を動かしたカツの機転だった。

カツの攻撃により片腕を吹き飛ばされたヤザンはアレキサンドリアへと撤退する。しかし、その行動はジャマイカンを謀殺しようとするヤザンの策略だった。
ヤザンを狙ったエマのビームはアレキサンドリアの艦橋を直撃し、ジャマイカンは戦死する。ジオンの亡霊が漂う宇宙には、ヤザンの哄笑だけが響くのだった。

ブレックス准将を失ったエゥーゴにとって、シャアは次代の指導者となるべき人物だった。

アウドムラでシャアが乗るシャトルを打ち上げようとするハヤトは、その期待を彼に託す。

一方、アーガマと戦艦ラーディッシュは、シャトルを回収する作戦を展開する。だが、アーガマを追撃するアレキサンドリアからヤザン隊が攻撃をかけた。

ジェリドもサラとマウアーを伴い、後方からメガ・ランチャーでΖガンダムを狙撃しようとする。

両者の交戦が続く中、シャアは地球から連れてきた孤児のシンタとクムを連れてシャトルからボートで離脱し、アーガマとの合流地点へ向かった。

アポロ作戦で功績を挙げながら、自らが船長を務めるヘリウム輸送船ジュピトリスに戻ったシロッコ。

彼を危険視するアーガマのメンバーは、レコアを潜入調査に向かわせようとしていた。

自ら危険な任務を志願する彼女を止めようとするカミーユに、レコアは余計な干渉は迷惑だと突き放す。

ゲルググに乗り、ジュピトリスに潜入するレコア。カミーユは後方支援のためにΖガンダムで出撃していたが、ダミー隕石に隠れていたところをサラに発見されて戦闘になる。

一方、ジュピトリス内部を偵察していたレコアは、シロッコと対面した。彼女は、シロッコに引き込まれるような感覚を覚える。脱出してアーガマに戻ったレコアは、シロッコのことをブライトに報告できずにいる自分に戸惑うのだった。

シャアがエゥーゴの出資者と会うためにフォン・ブラウン市へ赴くのと時を同じくして、ティターンズはサイド2に毒ガスを撒布する作戦の準備をしていた。
エゥーゴの拠点と目されるグラナダを攻撃する作戦を隠蔽するためである。

ティターンズの毒ガス攻撃を察知してサイド2宙域に急行するアーガマ。

一方、サイド2の市長は抵抗派を抑え込んでティターンズに降伏しようとするが、アレキサンドリアの艦長ガディ・キンゼー少佐はこれを無視する。

混乱するサイド2に接触したカミーユたちは、毒ガス部隊を捕捉したものの、ジェリドのガブスレイに行く手を阻まれてしまう。

カミーユとジェリドの激戦が続く中、カツの乗ったMSネモがガスボンベの破壊に成功する。

アレキサンドリアはヤザン隊を囮にアーガマをコロニーの残骸に誘導し、伏兵のジェリドとマウアーでこれを攻撃する作戦を展開する。

作戦の準備が進む中、カミーユに対する度重なる敗北に焦りを募らせるジェリドに、マウアーは気遣う言葉をかける。

アレキサンドリアの攻撃が始まり、アーガマのMS部隊はヤザン隊の陽動につり出されてしまう。

孤立したアーガマを襲撃するジェリドたちのガブスレイ。

しかし、カミーユは徐々にジェリドを追い詰め、ジェリドを撃ち抜こうとする。
次の瞬間、マウアーはジェリドの盾となって閃光の中に消えた。

重傷を負ったジェリドは操舵を失うが、マウアーの想いが彼に再び操縦桿を握らせる。尋常ならざる気迫でカミーユに攻めかかるジェリド。だが、ガブスレイの両脚を破壊され、撤退を余儀なくされた。次々と大切な人間を失い、ジェリドは悲嘆に暮れる。